段艰险的航道，差不多与重开长安、渭口间的漕渠同时，陕郡(治所在今三门峡市西旧陕县)太守李齐物组织力量，在三门山北侧的岩石上施工，准备凿出一条新的航道，以取代旧航道。经过一年左右的努力，虽然凿出了一条名叫开元新河的水道，但因当地石质坚硬，河床的深度没有凿够，只能在黄河大水时可以通航，平时不起作用。三门险道问题远未解决。
通济渠和永济渠是隋朝兴建的两条最重要的航道。为了发挥这两条运河的作用，唐朝对它们也作了一些改造和扩充。隋朝的通济渠，也就是唐朝所称的汴河。唐廷在汴州东面凿了一条水道，名叫湛渠，接通了另一水道白马沟，而白马沟下通济水，这样，便将济水纳入汴河系统，使齐、鲁一带大部分郡县的租、调，也可循汴水西运。唐廷对永济渠的改造，主要有两个工程。一是扩展运输量较大的南段，将渠道加宽到17丈，浚深到24尺，使航道更为通畅。二是在永济渠两侧凿了一批新支渠，如清河郡的张甲河，沧州的无棣河等，以深入粮区，充分发挥永济渠的作用。
对唐廷来说，大运河的主要作用是运输各地粮帛进京。为了发挥这一功能，唐后期对漕运制度作了一次重大改革。原先在唐前期，南方租调由当地富户负责，沿江水、沿运河直送洛口，然后朝廷再由洛口转输入京。这种漕运制度，由于富户多方设法逃避，沿途无必要的保护，再加上每一舟船很难适应江、汴(泛指运河)河的不同水情，因此问题很多。如运期长，从扬州到洛口，历时长达九个月。又如事故多、损耗大，每年有大批舟船沉没，粮食损失高达20%左右，
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