，由海军的副军长兼任长江舰队的总指挥官。新组建的长江舰队一共有战舰九十四艘，士兵五千余人，基地设在长江入海口的通州附近，设有三个分舰队：
第一分舰队：指挥官何滨，包括有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰三艘，五级护卫舰八艘。五百料以下战船八艘。三百料以下战船十艘。主要是付责在长江入海口至南京段江面作战。
第二、三分舰队：指挥官易吉轩、南亚虎，分别包括有四级驱逐舰二艘，五级护卫舰五艘。六百料以下战船十艘。三百料以下战船十五艘。主要是付责深入长江中游江面作战。
虽然现在还不是收复南京的时机，但江南地区的商家军己经做好了充分的准备工作，完全可以主动向清军发动进攻，趁着现在清军正在整编，还没有作好充份的应战准备的时，先在南京周边地区打几个胜仗，逐步清扫南京的外围，不仅可以歼灭清军的有生力量，同时也是为年底复夺南京做好充份的准备。
因此商毅也决定，这一次出兵分为南北两线、同时向清军发动进攻。
南线由成进领军，出动第一军的三个师、两个旅，共计四万五千兵力，进攻广徳州，攻击南京的南面。而北线则是水旱两路齐进，由杨武丞领军、出动第三军的一个师、两个旅，共计二万五千兵力，进攻镇江府。而黄镇也率领长江舰队出击，从江面上支援作战，攻击南京东面。
广徳州是从南京进入杭州府的必经之路，而镇江更是南京东面的门户，离南京不足百里，如果能够顺利的取下这两处地方，那怕只攻下一处，商家军也就可以在江南战场上取得一定的主动权，
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