在长江沿岸征集各种船只，并且命令各造船厂也都继续为清军生产新船。
然后洪承畴又在湖广、江淮等地招筹渔民充任水手，并从汉军中选拔精通水性，并且会操舟的士兵编成水军进行训练，制造水战的武器，积极的备战。
不过就在清军正在积极准备的时候，商家军却主要出击，分从水旱两路，向南京发动了进攻。
第四卷 纵横篇 第五十一章 正面强攻（一）
洪承畴到达南京之后的种种措秩，商毅在杭州也都了解得十分清楚。
以前清军有一个很大的弱点，就是江北、江南指挥不统一，虽然阿济格和多铎是亲兄弟，不致于互相拆台，但毕竟没有一个全权负责的人，江北、江南往往都是各自为战，也给了商家军从容应对的机会。而现在阿济格北返，洪承畴和多铎都在南京坐镇，清军也形成了一个统一的指挥部，这样一来江北、江南协同作战的情况也就会多了起来，以后的战事将更加复杂。
不过商毅当然不会等着清军全部准备好之后，再来打自己。自从商家军在江北攻取了滁州、和州之后，双方都己经歇战了一个多月的时间，而商毅也抓紧这段难得的宝贵时间，初步完成了浙江地区商家军的扩军编制，现在驻守浙江地区的商家军第一军和第三军。
扩编之后，第一军包括有五个师、三个旅，总兵力超过七万；第三军有两个师、三个旅，含一个骑兵师和一个特种旅，总兵力也达到了四万二千。兵器配置率也达到了百分之八十左右。基本的作战部队都保证有武器。
而且隶随于海军的长江舰队也己经初步组建完毕
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