11年1月2日到达哈尔滨，曾要求由他代替伍连德来担任东北防疫的统管，他不听伍连德的建议，仍然按照防治腺鼠疫的老经验，在哈尔滨的医院里，梅尼未加任何防护地检查了四个病人。11日，梅尼教授就去世了，显然他是被传染了。
这个轰动事件，使伍连德的方法被推广开来：病人送往鼠疫医院，接触者被隔离，所有人佩戴加厚的口罩（后来被称为“伍连德口罩”），调动军队封城，切断交通，以及焚烧尸体。整个防疫局势被扭转了
伍连德的疫情控制手段严格而刻板，规矩虽然复杂，但运行良好。他的方法开始实行一个月内，哈尔滨的鼠疫死者累计达到三千四百三十一人，最严峻的一天死亡一百八十三人。一个月后，到了1911年3月1日，死亡人数下降为零。
这场鼠疫攻坚战共调集士兵、警察、医生和其他勤杂人员近三千人，借用俄国铁路局的120节车厢以及学校等设施，牺牲医务和其他服务人员297人，历时7个月，一场疫区范围从满洲里到北京、天津、济南的抗击鼠疫的斗争，取得了最后成功。
伍连德注意到，那一年的春节，东北中国居民遍地燃放鞭炮，人们相信鞭炮对扑灭鼠疫显示了神奇的威力，还有中国人相信吸食鸦片可以抵御鼠疫。中医生意特别兴隆，但是31个登记的执业中医师，17人死于鼠疫。
就在伍连德和中国上下齐心剿灭鼠疫的时候，日俄企图借此在东北继续扩大侵略地盘，因而准备随时对清政府的防疫工作进行干涉。日本和沙俄先后照会满清朝廷，说要排除医疗队进入中国，保护自己在中国的侨民
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