他的事情却也纷争不断。甚至有几次在涉及到关键问题上，因为双方互不让步，闹到了抗联要将进入哈尔滨接收的苏军内务部的那个团缴械的地步。
实际上双方在这件事情上，最大的分歧不是那些老弱妇孺的安置，而是那些分布在哈尔滨各地的东正教神职人员。杨震担心苏联人用这些神职人员，作为在白俄撤离之后打入抗联根据地内的楔子，所以坚决要求全部遣返或是对根据地内施加影响。
利用宗教的问题对别国下手，并不是没有什么先例，苏联人也不是没有干过。苏联人插手新疆的时候，就曾经利用过宗教方面的某些借口。尽管他们在中亚地区，对中亚民族原有信仰的宗教采取了高压的政策。
但这并不妨碍他们以宗教为借口，插手其他国家的内政。为了以绝后患，彻底的切断苏联人插手抗联的借口，杨震坚决要求将所有在北满根据地的东正教神职人员，全部移交给抗联。
杨震这个人虽说讲究宗教信仰自由，更不太干涉宗教信仰。但是对于别国利用宗教作为借口插手自己内部，却是相当的提防和敏感的。尤其是北满根据地内的东正教会，与苏联国内的东正教会，并未彻底的断绝联系。
表面上是独立于苏联教会，实际上的联系还是相当密切的。事实上没有苏联人的支持，这些东正教会根本存在不下去。即便在日踞时期，日本人也是因为这些东正教会或多或少的背后有苏联方面的影子，而对于进行了严格的限制，严格禁止哈尔滨东正教会在中国人之中发展信徒。
所以杨震提出要求在北满的所有东正教会的俄籍神职人员，除了在哈尔
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