自己创造的人类堕落到如此地步，会是什么样的一种心态……
天帝一怒，决定用大洪水来毁灭这些罪人！只有先知得到天帝的指示，提前造出诺亚方舟，将自己的家人和邻居还有各种动物带到安全之处。
这是第二个大事件，大洪水时期，整个世界一片汪洋，只剩下极少数高山存在。无数人类、动物和珍奇物种都毁于一旦。
当天界形成后，天帝和许多有能力的神都飞升到天界。或者说地上的美好天堂都已经转移到天上。
下界的人类成为天帝的弃民，不管不问，自生生灭。女娲神通过炼石补天的手段，最终止住了大洪水。后来人间出现许多有名的圣贤，如伏羲氏、神农氏、尧、舜、禹等。这些人都借天帝之威，以天帝的名义号令天下，史称三皇五帝。
此时全世界的人类都在忙着治理洪水，天神鲧命神鸟去偷窃能阻止洪灾的“息壤”，天帝知道后，将“息壤“收回，并派火神杀死了鲧。鲧的肚子突然裂开，生出禹。可以说禹是鲧的分身，或者是心灵之子。禹长大以后，采用疏通的方法，引水入海，治水取得成功。
洪水的问题得到解决，人间却变成一片苦地。地球对各路神仙再也没有任何吸引力，他们都去了天界。而不能去天堂的人们，聚集在一起，商量以后如何生活。