经过近四年的四川流亡生活以后，僖宗在中和五年（公元885年）阴历三月回到京师。经历了战争和洗劫的岁月的长安已经完全荒废了：“荆棘满城，狐兔纵横。”而僖宗在长安也没安心的住多久，又开始了逃亡避难，这一次是因为邠宁节度使朱玫拥立肃宗的曾孙襄王李煴为帝，僖宗四处辗转，最后于光启三年（公元887）由当时的神策军将领宋文通护卫着逃到了凤翔，凤翔节度使李昌符领兵拦截，和护驾的先头部队发生激烈冲突，宋文通带兵猛攻，歼灭了李昌符全部。宋文通因为立了首功，被唐僖宗封为节度使，而且赐名李茂贞，僖宗还亲自为他定字为正臣。从此，李茂贞便凭借这些常人所没有的荣誉和雄厚的实力割据一方。
这一年的其余时间僖宗仍在凤翔，光启四年正月回到长安。然而，他在凤翔已经得了重病，阴历三月便死去，只活到二十七岁。僖宗在位一共十五年，这十五年里，很难说他曾进行过真正的统治。他在位期间的唐朝，是军事、政治、社会和制度各方面的重重危机压得人们喘不过气来的时代，有人把王朝的迅速崩溃归罪于僖宗的孩子气和任性，或归罪于他对施政的漫不经心。
比如蔡东藩先生的《唐史演义》中第九十五章的结尾诗评价唐僖宗：“世衰总为主昏多，丧乱相仍可若何？十五年来无一治，虚名天子老奔波。”算是这种说法的代表。
僖宗病危时，群臣因僖宗子幼，拟立皇弟吉王保为嗣君，只有宦官杨复恭请立皇弟寿王杰。寿王正是后来的昭宗，他与僖宗同母所生，僖宗一再出奔，寿王都随从左右，僖宗也特别倚重他。于是由复恭倡
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