大型水面军舰。
巡逻部队，由第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐指挥，由“伊--19”号、“伊--21”号和“伊--23”号3艘潜艇组成，在编队航线前方航行，担负侦察警戒。
中途岛破袭部队，由第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐指挥，由“潮”号、“涟”号2艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛牵制美军。
补给部队，由“极地”丸、“极东”丸、“健洋”丸、“国洋”丸、“神国”丸、“东邦”丸、“东荣”丸和“曰本”丸等7艘油船组成，负责为编队进行海上加油。
先遣编队由第六舰队司令清水光美海军中将指挥，先于突击编队出发，下辖六支部队：
第一潜艇部队，由第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将指挥，下辖“伊--9”号、“伊--15”号、“伊--17”号、和“伊--25”号4艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队，由第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将指挥，下辖“伊--1”号、“伊--2”号、“伊--3”号、“伊--4”号、“伊--5”号、“伊--6”号和“伊--7”号7艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队，由第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将指挥，下辖“伊--8”号、“伊--68”号、“伊--69”号、“伊--70”号、“伊--71”号、“伊--72”号、“伊--73”号、“
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