七品的二等医士、正八品的三等医士、从八品的一等医生、正九品的二等医生、从九品的三等医生等十个等级的医官，并在民间采用天地良平四个等级区分医生的行医资格，至于院务，同样由院监和院丞等来负责。
在部，院，衙门之上，郑克臧还重新设置了政事堂，政事堂由首相、财相、兵相、律相和内相组成。财相在度支部、盐铁部以及国库、海关、税务诸衙门的尚书、会办大臣中产生；兵相由陆军部和水军部的尚书轮流担任；律相又叫法相，在大审院、监察院和警政、狱政两衙门的主官中挑选；内相则在内大臣中挑选；首相又分平章军国事和参知政事，前者为正，后者为副，各一员，一般参知政事由邮传部、水利部、学部、礼仪院等不出“相”的部院衙门主官出任，至于首相则在年老重臣中选择。平时各相独当一面，最多与首相商议政务，原来明清内阁的票拟权由各相分刮，以避免一人如张居正般独揽大权。但若遇到重大事件及国策拟定或需要多个部之间沟通处理的事情，则由首相召集在御前先召开政事堂会议解决。
除了这些行政方面的部门以外，郑克臧还将参谋厅改组为枢密院。枢密院设枢密使一人，副使二人，同知一到三人，佥事四人，同佥事三到五人，一等到四等赞画若干人。与宋代的枢密院由文官出掌不同，郑记枢密院是由武官掌握的，但其平时只有向最高统治者建议的权力，并无养军之财和调兵之权，完全听命于最高统治者本人并受制于文官掌握的陆军和水军两部，只有战时才经由最高统治者授权获得指挥部队的权力。
按照郑克臧的设计，今后在各省
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