海军的发展极其缓慢。更为重要的是，当时全国竟然没有一个统一的海军指挥机关，各支水师皆由当地督抚管辖，原本就很难协同作战，而各省督抚更将水师看作是自己的‘私’产，不但难以调遣，更是不愿改变。象长江属南洋管辖，南洋大臣名义上有对长江水师的节制权，但当新任两江总督兼南洋大臣沈佑郸奏请将南洋各水师统一整编，去除旧式帆船，改换成蒸汽舰艇，对此，统管长江水师的长江巡阅使彭‘玉’林竟然以种种理由推托。两江总督南洋大臣的号令都很难在自己所辖的长江水师中贯彻，全国海军的整体状况便可想而知。
简而言之，大乾朝廷仍是用管理传统水师方法管理近代海军，根本未意识到近代海军装备技术相当复杂，必须统一，系统管理高度远非旧式水师可比。但更为要命的是，朝野上下竟然有许多人都认为建立海军衙‘门’这样一个中土王朝传统“六部”所没有、只有“夷狄”才有的新机构，意味着“以夷变夏”！
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