海滨（马新贻原任闽浙总督），竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐匿也。”（《李文忠公全）大概的意思是说，马新贻接了本不该属于他的两江总督位置，这就是他必须死的原因。可谓一语道破了天机。
而一度被怀疑是刺马案最大主谋的曾国藩则稳坐两江总督宝座，直到两年后死去。两江总督宝座从此长期掌握在湘军一系手中，其他人丝毫不敢染指问津。尽管曾国藩及其继任者最终并未割据分权，但“重地方、轻中央”政治局面的形成已经不可避免。
自太平天国兴起，朝政大权逐渐落入汉人重臣之手，清廷的权威极大地被弱化。能令这些汉族重臣在朝中立身保命的并非所谓的盖世奇功，而是其手中直接或间接掌控的庞大的地方军事力量，曾国藩如此，李鸿章也是如此。湘军和淮军的出现确实挽救了岌岌可危的清王朝，令其统治多苟延残喘了几十年，但湘军、淮军首脑人物也借此进入了中央要津，开始左右政局，由此开近、现代军阀割据的源头。直到民国初，割据中国的军阀无不与湘军有着千丝万缕的渊源关系。
无论马新贻被刺案有何重大背景来历，案发后的审讯调查过程和结局却充分彰显了中央皇权日益衰弱、政令不及地方的无可奈何。从始至终，刺马案的本质不过是清朝中央集权和地方军事集团的较量，而最后还是以朝廷的公开退让而告终。
但慈禧太后也不是没有丝毫的报复行为。最初郑敦谨到达江宁主持审理刺马案，有人赶来暗示他，万一张文祥胡乱指认湘军将领该怎么处理，其中特别提到了长江
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