三十出京，赶往山西，结果按查属实，赵长龄和陈湜被革职充军。郑敦谨自此得了“铁面无私”的称号。由他来江宁审理刺马案，当时是众望所归。他自己也雄心勃勃，一心要把这桩震动天下的疑案审个水落石出，以不辜负“铁面无私”的美名。
接到上谕后，郑敦谨先是入宫请示慈禧太后，随即装束就道，带着刑部满郎中伊勒通阿和汉郎中颜士璋星夜赶赴江宁。伊勒通阿和颜士璋二人曾跟随郑敦谨到山西办案，很是得力。当时正是冬月，大雪封路，为了不耽误时间，郑敦谨一行干脆下轿徒步涉雪而行。由于雨雪阻滞，到达江宁时，正是十二月二十九日，次日便是除夕。
［清朝六部实行满汉分开制，即有一名汉人尚书，就必须有一名满人尚书；有两名汉人侍郎，也就必须有两名满人侍郎。］
郑敦谨到达江宁后，立即会同曾国藩，召集江宁的司、道、府、县各级官员，详细查问案情。孙衣言一心想为马新贻报仇，一上来就侃侃而谈，说：“背后主谋倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。”机锋一开始就露了出来，这就是“背后主谋”四个字。包括曾国藩在内，官员们都没有说话。
隔了两天，正月初二，郑敦谨便正式开始审案。参加会审的人最初定了六人：钦差大臣郑敦谨和他的随员伊勒通阿、颜士璋；两江总督曾国藩和他委派的江安粮道王大经、江苏题补道洪汝奎。后因为孙衣言、袁保庆二人为马新贻心腹，担心二人不服，将二人也加了进来。
张文祥依旧是那套老办法，信口
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