治十六年（1659）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及方章钺的父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：
人生千里与万里，黯然魂销别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，辞赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排觚。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千山断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！七月龙沙雪花起，橐驼腰垂马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张譬为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎勿喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓
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