的文科出身者。1900年2月，第一次外放实习即被派到中国，担任日本驻厦门领事馆领事官补（相当助理领事）。三个月后发生义和团事件，在厦门的日本西愿寺出张所也被纵火，台湾总督儿玉源太郎立即派兵到厦门港外，以保护日侨为借口，拟登陆占领厦门。
日本政府不许儿玉擅自用兵，命令中止占领厦门，改由厦门领事馆与清廷厦门道台延年谈判，就地解决问题，由厦门道台缉捕纵火者严办，并向日本政府道歉了事。这是芳泽就任外交官后第一次与清廷官员交涉的第一件外交事务。此后，芳泽历任驻上海及牛庄领事、驻英国伦敦大使馆一等书记官、外务省政务局第一课长、人事课长、政务局长、亚洲局长、欧美局长。
1913年底，日本对于地方豪藩李汉的崛起已经十分警惕了，于这一年年底派遣芳泽谦吉前往中国，就任驻汉口总领事。
1917年中方以各种理由，单方面拖欠、日本庚子赔款份额拒绝支付。寺内正毅虽处于政治考虑，没有轻易与中国走向战争，但面对日本国内愤怒的民意，只能选择牺牲了当时的驻华公使林权助，改由对华强硬派的小幡酉吉重任驻华公使。很可惜，因为民国拒绝承认这位曾在公共场合以‘支那’等侮辱性字眼形容中国的驻华公使。日本被迫在任命其就任22天以后，撤换了小幡酉吉任命吉田伊三郎担任驻华公使。
因为吉田伊三郎任内未能协助西园寺公望完成于逼迫中国重新支付庚子赔款的方针，在西园寺公望回国后，吉田伊三郎也被再一次解除了驻华公使的任命，芳泽谦吉就是在这种情况下，被任命为日本驻华
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