国防体系建设李汉点头，总参谋部正是按照蔡锷的草稿，进行了合理规划、修正了一些不足之后直接采用。
按照蔡锷的方案，整顿跟组建国防军体系将大致分为三个阶段共十年。第一阶段，建立全国统一的国防军体制，分出地方军、中央军的划分，统一标准改编为国防军某某部，地方部队在充实人数、砍削编制后授予国防军正式番号、军旗以及军歌等，不得再拥有任何地方番号，比如什么安徽第一军、浙江第一师、四川第五师之类的番号。原先各种名义的地方部队如巡防营、民团等，经过筛选后一律编入国防军，今后全国只有国防军一支军事力量。一般的社会治安将由地方陆军学堂跟警校毕业的警察负责。这一阶段初步预期为半年到一年，若是有一个强力的政府，将会在更短时间内完成第一阶段。
第二阶段，给予各改编部队一定期限的过渡时期用来提高训练水平和充实装备，所有部队都要达到统一考核标准才能被授予正式番号。在过渡政府时期，各地改编的部队暂且仍由地方发饷。待整编成功，考核通过，一律都由中央发饷，军饷全国统一，不存在任何歧视或照顾。这一阶段是最重要的阶段，在这一阶段里，除了改革军事指挥层面，中央设立国防、部，由总统作为国家海陆军最高统帅亲自任命国防、部长，行使军队统帅权外，还将成立德式的总参谋部，为军队提供军事情报、后勤、计划与人事。其主要任务是在总参谋长领导下，贯彻执行最高统帅和国防、部长的命令、指示，搜集和提供情报，拟定和组织实施战略战役计划和动员计划，指挥并部署协调各军种、军区、战区及各种武
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