星局部的战斗还在进行着，因为南京城实在是太大了，而且这时人口稀少，让清军有足够的空间躲藏，同时还有一部份清兵逃出了南京，在城外流窜，也给商家军的清尾工作带来了一些困难。等到全面肃清南京城里的清兵，己经是三天以后的事情了。
但这一切都不足以改变大局，整个南京地区这时也都已经被商家军全面收复。而这时距离商毅从南京撤离的时间，己经过去了十个月。
这次进攻南京的战斗一共进行了五天，商家军一共战死了二万四千一百七十三人，伤一万三千六百二十二人，而歼灭清兵四万一千三百八十八人，俘虏竟多达四万八千四百一十七人，这还不算被清军临时征调来的民兵。
这些民兵还剩余三万多人，经过鉴别之后，全部都释放了。其实鉴别起来也非常容易，只要是说得一口流利的南京话，基本就能够证明是被清军临时征调来的南京人，也可以被释放。当然也有一些不会说南京话，但也自称是民兵的，只能先关押起来，以后慢慢分辩。
另外在战斗结来之后，还缴获了清军的战马七千余匹，各种火炮二百二十七门，火铳六千三百七十七杆，盔甲刀枪旗帜更是不竍其数，还有粮食十万余石，白银六十万余两等等其他物资。因为清军并没有来得及把所有物资都运走。只是被清军俘虏的明朝官员，宗室等人都被转移北上。
商毅和亚莉桑徳拉一行人马是在成进的陪同下，跨乘着骑在高头大马，沐浴着清晨的阳光，以胜利者的姿态，从承天门直接进了南京的皇宫。沿途的士兵看到商毅的一行人，也都纷纷停下来，向商毅行礼，还喊着
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