虽然这并不意味着南京就一定失守了，但如果让商家军在南京城里站稳脚跟，再想把他们赶出去，可就不那么容易了。多铎可是知道，在阿济格攻取南京的时候，商家军以不足三万的兵力，守在南京城里，和近十万清军对抗了近一个月的时间。因此多铎可是说什么也不敢让商家军杀入南京城里来。
于是多铎也做出了商毅最希望他做出的选择，下令命鳌拜率部渡江，进驻南京驻守。
而就在鳌拜部从庐州重新开拔之后，这一次作战的目地也达到了，于是商毅也下令成进、杨武丞收兵回浙江，暂时驻扎。等待最后的时机。
不过就在这时，福建又传来了最新的消息：隆武帝朱聿键被清军抓获。
原来朱聿键一行离开福州以后，沿海边北进，赶往福宁州。这时清军的兵锋己经到达离福州不足四十里的竹琦镇。但由于郑芝龙将所有军队几乎全都带来，因此朱聿键等一行对清军实际已经接近了自己，还一点都没有查觉到。
而这时朱聿键身边只有郑成功留给他的不到五百名士兵保护，而在这样的情况下，朱聿键还带了大批书籍和宗室、内待、宫人、随驾官员一起出发，根本没有轻装前进。结果一行人走得极慢，走了一天才到达罗源县，连福州府境内都没有走出去。
就在朱聿键刚离开福州不到两个时辰，觉罗巴哈纳就率军攻入了福州，从投降的官员那里得知朱聿键己经北逃，准备进入浙江去投奔商毅。觉罗巴哈纳当然不知道，商毅根本就没打算接纳朱聿键，再他看来，现在商毅本来就己经很难对付了，如果让朱聿键逃进浙江，让商毅获得了拥立皇帝
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