多尔衮也立刻下达了一系命令：
阿济格、多铎、吴三桂、耿仲眀、尚可喜等人现在立刻返回前线坐镇，整顿军马，准备再次向南方发动进攻，同时也专程告诫多铎，这一次要努力作战，将功补过。
满汉八旗扩军的事情不得再论，但现在各旗的缺额，立刻都补充齐整，而且补全的工作，必须在十月之前完成，保证南征的足够兵力。
同时多尔衮还下令，正式成立前锋营、骁骑营、护军营这三大营，并从各旗抽调精锐士兵出任，付责担任宫廷禁卫，护从，并驻防在京畿和各省地区。同时又决定，将前期战场中收编的明军、降军抽取精壮士兵，并从汉兵八旗中也抽取一部士兵﹐参照原来明军的旧制﹐以营为基本单位，进行重新组建整编﹐而各营均以绿旗为标志﹐称为绿营。
三大营和绿营成立之后，将不再归属满汉八旗管理，而是由朝廷统一调度指挥。不过在南征以前三大营及绿营的编组肯定难以完成，因此这次南征，还是将以满汉八旗的编制为主。
另外，为了能够更好的指挥南征，及时处理紧急军务之用，多尔衮又下令，在皇宫的隆宗门内设置军机房，专门处理与南征相关军务，可以专事专报，直接对多尔衮付责。
军事方面的事情大体就是这些，而在政务方面，多尓衮宣令，中枢机构的官员，必须由满人出任，汉官不得入阁理，而六部九寺之中，也必须一职设二官，分授满汉，官吏选拔，也应是以满人优先，辽人（即关外的汉人）次之，关内汉人最次。同时大力提倡满人保持民族风俗习惯，禁止满汉通婚等等。
而在经济方
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