敦毕竟年龄大了，精力跟不上，只好将具体政务交给堂弟王导负责，而他自己则返回武昌继续遥控朝堂。
王敦掌握朝政后，将、相、州、牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅琊王氏的族人。同时又以沈充和钱凤为谋主，对这二人是言听计从。又任用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。
当初支持天子反对王敦的几个将领，除了郗鉴主动交出手中兵权，再由好友王导从中疏通得以保全性命外，甘卓、司马承二人皆被王敦派人秘密杀害。而广州刺史陶侃由于不是本人带兵，再加上王敦忌惮陶侃实力，才堪堪逃得性命。
由于朝政大权皆在王敦手中，皇帝司马睿活得愈加憋屈，最终忧愤成疾，病体一日不如一日。
而王敦志得意满之下，同样****放纵享受，身体竟也一日重似一日。
不少有心人看到这一幕，不由暗暗心惊，均猜江东内乱不会这么轻易就结束。(。)