走运的一号机返厂修复期间，装两台12Ybrs发动机的二号原型机完工（因为图哈切夫斯基的阻挠，最开始该项目不得不采用M25风冷发动机）。并随后在12月30日进行了首飞，虽然12Ybrs发动机比一号机的M25发动机重了将近三分之一，而且为了改善起降性能和增大航程，二号机翼展比一号机长了1.25米，但由于V型液冷发动机比风冷发动机的风阻小得多，而且发动机整流罩设计得非常成功，结果这架二号机居然飞出了416千米每小时的超级好成绩，一举打破了同级别的非正式世界记录。
不过高兴是短暂的，因为对于空军的后勤人员来说，他们并不喜欢装液冷发动机的二号机，原因是比风冷的M25发动机难伺候。而且不光是难伺候的问题，更关键是该机可伸缩的滑油散热器设计尽管很巧妙，但是散热效率实在差强人意，结果ANT40IS由于发动机冷却系统的故障导致引擎过热频频发生，特别是在爬升时尤甚！
其实解决这个问题的办法很简单，那就是将那个蛋疼的伸缩式滑油散热器改成固定式，重新设计发动机整流罩并扩大散热器进气口即可。当然，这么改，肯定要损失一定的速度。
那时候，空军和设计院认可了这个改动，但是主管航空工业的奥尔忠尼启则却不买这个账，一向很讨厌图波列夫的他，直接就开喷了，指责图波列夫的设计小组“故意”降低原设计性能。
为此不得不又大打嘴仗，哪怕是李晓峰出面做斯 大林和奥尔忠尼启则的工作也于事无补，最后官司直接打到了即将退休的列宁那里，还是
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