的。
但是对于郑家水师的整编，郑家却是有一点想法的，毕竟这个时代军船和民船之间并没有明显的界线，包括西方的帆船，也一样是既可以运货也可以进行海上交战之用，郑家麾下大大小小拥有各种船只两千多条，其中超出四百料以上的大福船和二号福船以及海沧船、白艚船、乌艚船、广船、快船五六百条，其余的还有小一些的近海用的四百料一下的小型海船还有一千余条。
而水师之中的水手也有近两万人，这些人平时可以操舟行商，战时随时都抄家伙上阵就是水兵，这些船只和水手具体该怎么划分，留给他们郑家多少船只和水手让他们今后继续行商之用，便成了关键的问题。
在这件事上，其实双方之前也是有过商议的，大中朝提出可以给郑家留下二百条四百料以上的海船，作为他们今后行商之用，其余船只则交给大中朝官方进行处置，而那些郑家水卒，则按照他们的意愿决定去留，愿意留在郑家手下继续做事的人，可以留下，愿意加入大中朝海军的，则可以接受整编。
但是现在郑家投顺有点晚，作为惩罚，原来的大中朝提出的条件便不能继续执行了，按照肖天健的指示，在原来的额度上大刀一挥裁去一半，原来二百条船，现在只许郑家保留一百条，而人员方面也仅仅允许郑家保留三千人，其余的全部交由大中朝来进行甄选之后另行安置。
郑家对于大中朝提出的新方案颇为不满，但是现如今他们也没有继续反抗的余地，只能听命于大中朝的安排。
另外肖天健招郑芝龙以及郑家上下受封之人赴南京面圣，说要亲自册封郑芝龙以
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