七年（1257），忽必烈与蒙哥兄弟间矛盾公开化，忽必烈被解除了兵权，不能参加对宋战争；阿兰答儿、刘太平等开始检查陕西、河南钱谷出入，忽必烈处境困难。为了趋吉避凶，忽必烈需要宗教保佑，二月，八思巴为他举行了称为“烧施”的宗教活动，三月，写了《五天女赞》，为忽必烈禳灾祈福10。夏季，八思巴朝拜佛教四大名山之一的五台山，以一个佛教徒的眼光，写诗赞颂五台，在西藏佛教界影响甚大。冬，忽必烈亲自朝见蒙哥，兄弟释嫌，重归于好，忽必烈处境改善，八思巴的地位也相应提高。
宪宗八年（1258）春夏之交，忽必烈受蒙哥之托，在开平主持释道两教关于《老子化胡经》真伪的辩论大会，除汉地儒生、道士、佛教僧人外，还有吐蕃、河西、大理等地僧人参加，八思巴也参加了这一“汇集了当时大半个中国的释、道、儒三家精英的学术大会”。他以自己广博的知识、雄辩的口才，向道士问难并使之辞穷，从而使佛教理论在这次辩论中战胜了道教，道士十七人依约被罚削发为僧。这场辩论对忽必烈尊崇佛教无疑也产生了重大影响。自1254年到1260年，八思巴多数时间在忽必烈军营或王府，从事佛教理论的研习修持，为忽必烈及其诸妃、诸子祈福禳灾。当忽必烈自湖北返回燕京时，他也自开平到达那里。显然，他也是忽必烈争夺最高统治权的支持者之一。
中统元年（1260），元世祖忽必烈尊八思巴为“国师”，“授以玉印，统释教”。至元六年（1269），八思巴献上所创新字（八思巴蒙古文），七年（1270），忽必烈再次请求八
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