王八思巴在六盘山会见了忽必烈。忽必烈即位后封八思巴为国师，并派他担任总制院的第一任长官。总制院后更名为宣政院。公元1279年八思巴卒，元世祖又追封他为大元帝师。元朝中央机构所设的宣政院，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶冶之”。
元朝政府在西藏设立乌斯、藏、纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，有都元帅、宣抚、安抚、招讨等使。乌斯即前藏，藏即后藏，纳里速古鲁孙即阿里三部。当时把前后藏分为13个万户，万户长以上的官吏由中央直接任命。此外，还在西藏设置驿站，调查户口，征收赋税，屯戌军队。总之，从元朝开始，西藏地区已正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
元世祖即位后，在云南设置了行省。行省之下，还设置了路、府、州、县。又设置若干军民总管府。元世祖派回回人赛典赤赡思丁为第一任云南行省的最高长官“平章政事”。此后云南和内地的联系也更加密切。
元代，祖国大陆与台湾之间的政治关系有了新的发展。至元时，在澎湖设立巡检司，“隶泉州晋江县”。元朝通过澎湖巡检司管辖澎湖与台湾。这是中国政府在台湾地区正式建立的行政权力机构。
大一统元朝大统一的政治形势，促进了边疆各族和中原地区经济、文化联系的发展；各民族联系的加强，又巩固了空前统一的国家。由于当时大量汉族被签发到边地去开垦，边疆各族也大量迁入内地定居，宋、辽、西夏、金时期各少数民族偏守一隅的情况逐渐有了变化，相互间开始加强了沟通和联系。过去视为边陲绝域的地区都和中原成为同
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