蒙古部落中威望很高。他对也先自行称汗一事，一直公开表示谴责。也先担心锡古苏台会威胁自己的汗位，决定抢先将其铲除。他派人通知锡古苏台前来汗廷议事。锡古苏台自恃骁勇，不疑有他，同其弟兀鲁灰墨尔根仅带领三十名随从前来。
锡古苏台抵达汗廷后，也先以可汗身份命令他交出当年砍死圭林齐的那把刀。锡古苏台认为也先不怀好意，想要动手，被弟弟兀鲁灰墨尔根劝阻。结果，锡古苏台交出那把大刀后，也先果断下令杀死了锡古苏台兄弟及其随从人员。但由于锡古苏台威名远扬，也先这一举动对巩固权势毫无益处，反而造成了恶劣影响。
而瓦剌内部也是矛盾重重。也先当上可汗后，阿剌知院想当太师，请求道：“主人穿新衣，希望您能以旧衣赐臣。”但也先拒绝了阿剌知院的要求，任命自己的次子阿马桑赤为太师，阿剌知院因而怀恨在心。也先为了削弱阿剌知院的势力，将对方的两个儿子派往西部边境驻守，同时派自己的一个儿子跟随前往。
途中，阿剌知院次子突然中毒身死。阿剌知院猜想这是也先所为，立即要求调回长子。结果在回来的途中，其长子又被也先派人毒死。阿剌知院痛失二子，勃然大怒，勒其部落兵三万攻击也先，数其三罪，并道：“汉儿血在汝身上，脱脱不花血在汝身上，兀良哈血在汝身上。天道好还，血在我矣。”
也先无以对答，只派人与阿剌知院约好再战。阿剌知院趁也先出猎时，率部众突然袭击。也先猝不及防，被打得大败，率骑兵数十人仓皇逃走。逃到蒙古商人阿蛮歇宿的部落时，凑巧当地部落首领是锡古苏台的
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