剌知院纷争不断，尤以也先与脱脱不花矛盾最为激烈——
脱脱不花是元室嫡裔，蒙古名义上的可汗，但自也先父亲脱懽起，蒙古大权就落到了瓦剌太师手里。脱脱不花不甘心徒居虚名之位，想真正复兴其蒙古宗主的地位，自进攻北京失利后，便单独向明朝派遣贡使，想取得明廷支持，至少是名义上的认可。明廷亦想利用脱脱不花来削弱也先的势力，对脱脱不花所派遣的使臣，宴劳赐赏要远远优厚于也先的使臣，故意厚此薄彼，使之互生猜忌。果然，也先和脱脱不花的矛盾越来越深。
瓦剌三大首领中，也先因得专权，兵力最强。脱脱不花虽名为可汗，兵力较少，阿剌知院兵力更少。三大首领外亲内疏，联兵南侵时，利多归也先，有害则均受，因而矛盾重重。
当时脱脱不花所立太子非正妻之子，而其正妻是也先之姊。为了自身利益，也先希望脱脱不花改立姊姊的儿子做太子，为此特意邀请脱脱不花及诸部落首领在明安哈剌举行会盟，商议蒙古太子的问题。脱脱不花因为势力不及也先，也不敢公然得罪对方，遂应邀前来。
就在这次会盟上，早有安排的也先忽然率军攻打脱脱不花。脱脱不花没有任何准备，一败涂地，只率领部属十余人逃往兀良哈部，想去依靠沙不丹。沙不丹曾是脱脱不花的岳父，女儿曾嫁脱脱不花，但却被脱脱不花遗弃。沙不丹本来为女儿之事恼恨脱脱不花，加上畏惧也先的势力，非但没有收留脱脱不花，还杀死了他，将其首级砍下，献给也先。
脱脱不花一死，也先乘胜威胁诸部，东及建州、兀良哈，西及赤斤蒙古、哈密诸卫，一
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