年老力衰，已经没有很多精力，见群臣反对，就此作罢。不料他所喜爱的皇四子朱棣后来还是发动了靖难之役，从侄儿朱允炆手中夺走了皇位。
但朱棣的皇位是夺来的，在皇位继承的合法性上大打折扣，即使当上了皇帝，仍被传统士大夫视为篡位，于是他大挥屠刀，以极其暴虐的手段屠戮建文旧臣，以堵住众人非议的悠悠之口。他后来连年对蒙古用兵，也是希望得到传国玉玺，表明自己是皇位的合法继承人。
为了加强正统继位形象，朱棣还大兴土木，修建了大报恩寺和武当山宫观。大报恩寺名义上为纪念太祖朱元璋和马皇后，借以让人知道，朱棣是明太祖和马皇后的嫡子，是皇位的正统继承人。对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，进而关系到帝位的合法性问题。而修建武当山宫观则是朱棣假托天命，宣扬自己得了真武帝君的庇佑。武当金殿中供奉着真武帝君的鎏金铜像，披发跣足，形象逼真，据传是按朱棣的相貌和体态铸造。
朱棣夺取皇位后，立太子一事便提上日程，他亦陷入烦恼。按理来说，朱高炽是嫡长子，以前又是燕王世子，是理所当然的太子人选。但朱棣在这件事上表现出相当的犹豫，他不喜欢朱高炽，更偏爱作战勇猛的第二子朱高煦。朱高煦对兄长的地位也一直虎视眈眈。朱棣却没有违背祖制的勇气，朱高炽最终还是以长子身份被立为太子，由此亦可见嫡长制作为“万世上法”的巨大威慑力。
朱高炽即位为仁宗后，立嫡长子朱瞻基为皇太子。朱瞻基即位为宣宗后，朱祁镇因为是长子，被立为皇太子。朱祁镇开始还只是
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