安排，十分周全。但是他没有想到，给儿子过重的军权，会造成皇家的内部矛盾。朱元璋去世后，皇太孙朱允炆继位，皇权与藩王之间积累已久的矛盾便急遽激化。一方面，是朱允炆担心诸王权力过于强大，积极着手“削藩”；另一方面，以燕王朱棣为首的藩王们极力要求维护自己既得的权位，最后爆发了“靖难之役”。内战的结果是建文帝朱允炆败亡，朱棣夺得皇位，史称明成祖。
朱棣为夺取皇位所发动的靖难之役给北部边防带来巨大的影响，其最关键的就是北边防线出现了两大缺口：一是大宁都司之废；二是东胜卫之撤。
朱棣即位后，对北边的防卫体系重新进行了部署：其一是将诸王防边的体制改变为大将镇守边陲军镇的体制，分别派亲信大将镇守辽东、陕西、宁夏、大同、甘肃、宣府、永平山海六处军事要地；其二是将有威胁的藩王向内地迁徙，或者将藩王的兵权削夺。