自己手中。他即刻着手对中央机构进行了改革，废除了中书省及丞相制，分中书省及丞相权力归属六部，相对提高六部职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责；改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，事皆由朝廷总之；兵制上实行卫所制[38]，使武将与兵权分离。这一系列的措施都使皇权得到了大大的加强。
明代兵制
如此，朱元璋废除了有一千多年历史的丞相制度和有七百多年历史的中书、门下、尚书三省制度，将军政大权揽于一身，使得皇权大大加强，达到了秦汉以来的极致。
然朝无重臣，总还是要有人办事，皇帝再精明能干，也只有一双手、一双眼，不可能总揽亲裁所有天下大事，于是朱元璋又创置了“四辅官”，由起自庶民的儒士们担任，以协赞政事，以安生民。
不久皇帝便发现这一套行不通，这些儒生虽然可靠，却没有什么实际处政经验，于是废去四辅官，并于洪武十五年（1382年）仿宋代制度，设内阁于殿廷，置益殿、武英殿、文渊阁、东阁大学士，职权是侍左右，备顾问。
此时的内阁，既非官署名，也非职官名，殿阁学士也不入典机务，很少参与政事，但它填补了组织形式上的空白。
内阁大学士为三至六人，原属于文学侍从之臣。如果殿试时文理出众，名列前茅，便可以进入翰林院，获得博览群书的深造机会。翰林几经迁转后，其中的突出人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，专职为替皇帝撰拟诏告，润色御批公文的词句。
这些人原官品秩低，不兼部务，也无官属，不能直接
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