所有基地的日军陆海军航空兵的战斗机反应就慢了半拍。尽管不顾日军航空兵夜战能力比较低的现状，在接到电话消息之后全部立即起飞像是疯狗一样，在空中拼命的寻找。
只是在无线电联络全部失效，只能依靠有线电话指挥，这动作上却是总是慢了半拍。除了东京周边的三浦半岛与房总半岛起飞作战飞机比较及时，但却是选择错了方向，集体杀向东海岸的太平洋沿海的伊豆诸岛以北海域进行搜索。
但等接到消息的其他日军海空军基地的航空兵，陆续起飞投入搜索的时候。黎明已经带着他毫无损伤的轰炸机群，已经早就飞出了日本本土，与从珲春起飞的p四零战斗机组成的接应机群，在西朝鲜湾上空汇合正在向基地返航。
炸弹已经落到头上，却始终不知道是从哪里飞来的敌机，让日军的反应明显过于缓慢。一厢情愿的判断，更使得其搜索方向出现了偏差。其所有的海空力量，全部都集中到了东海岸暂开地毯式的搜索。
整个日本陆海军之中处于最佳拦截位置的，驻扎在朝鲜的陆海军航空兵。在日本本土已经到处都像疯狗一样的时候，却是没有接到任何的命令，老实的待在地面上，没有参与任何的搜索与拦截。
日本本土的防空作战计划，从来没有考虑过从西面会受到袭击。在东京受到不明飞机轰炸之后，日军搜索的方向却是整个相反。此次轰炸，日军的第一反应是受到了美国航空母舰的偷袭。因为在偷袭珍珠港的战报上，并未有美国航母被击沉的报告。
除了南下与西进的舰队之外，他们驻扎在东京附近横须贺、广岛吴港、长崎佐世
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