刘备发兵解围。时袁绍、曹操势力逐渐强大，北海国的左丞祖者劝孔融结纳袁绍或曹操，孔融怒而杀之。建安元年（196），袁谭攻北海，城破后孔融逃往东山（太行山以东）。建安元年（196）九月，汉帝迁都许县，四十四岁的孔融被征召为将作大匠，升任少府，后被封为太中大夫。孔融为人恃才负气，常与曹操唱对台戏。曹操需用人，让孔融推荐，孔融觉得除了好友祢衡外谁都不行，而祢衡也是个抗曹的刺头。因反曹之事积累渐多，激怒了曹操，于建安十三年八月二十九（壬子）日（208年9月26日），孔融被曹操以招合徒众，欲图不轨、谤讪朝廷、不遵超仪等罪名杀之，且株连全家，时年55岁。