业证书而无法注册入学，他只好离开柏林前往莱比锡大学。没有进入德国最有名的柏林大学当然遗憾，但莱比锡大学也属当时的尖子大学，建于1409年，是德国最古老的大学之一，拥有哲学家和实验心理学创始人冯特和历史学家兰普来西等一批一流的学者。当蔡元培来到莱比锡大学时，正是大学500年校庆的前夕，也是莱比锡大学最为辉煌的时期，学生人数达到12000人之众。
关于这段经历，蔡元培曾自述：“我在柏林一年，每日若干时学习德语，若干时教国学，若干时为商务编书，若干时应酬同学，实苦应接不暇。德语进步甚缓，若长此因循，一无所得而归国，岂不可惜！适同学齐君宗颐持使馆介绍函向柏林大学报名，该大学非送验中学毕业证不可，遂改往来比锡（Leipzig）进大学。”