是严复等人的新思想唤醒了蔡元培的精神世界。
这一时期的蔡元培，进一步接触了大量近代科学与民主思想著述，在翰林院内，钻研那些被固守封建传统的旧派人士斥为“奇技淫巧”“左道旁门”的西方科学知识。
原因很简单，在这时候的蔡元培看来，中国不是败于“道”，而是败于“术”。就“道”而言，中国传统哲学的深邃精微，世难匹敌；但重道而轻术，导致中国完败于船坚炮利的重术之国，使他不得不转变思路。
蔡元培兼有着中国知识分子的厚重和东南文士的轻灵，他不愿也不屑因循守旧。这从他做文章上也看得出，不是一味地迎合科考，而是独辟蹊径。